游戏的主线剧情是玩家最早接触BOSS战的场景。序章至第八章的剧情关卡中，每个章节末尾均设有特定BOSS战，例如序章的隐藏BOSS需要通过地图中的光柱机制触发。玩家需在进入关卡后每10秒观察光柱位置，连续追踪4次才能激活BOSS。随着主线推进，BOSS战难度逐渐提升，部分BOSS如第七章的罗兰和第八章的露娜还涉及剧情演出与多阶段机制。部分主线BOSS被设计为不可击败的机制战，例如序章露西亚需存活1分钟触发剧情。
达到50级后，玩家可通过活动界面协同作战进入联机副本，与其他玩家组队挑战高难度BOSS。该模式包含战斗副本、探索副本等类型，例如黑星坠落副本中的双BOSS卡穆与赛琳娜需要队伍分工协作。联机副本的BOSS通常具备群体技能和狂暴机制，如夏日活动中新增的海渊巨兽会召唤触手与潮汐领域。部分联机BOSS会掉落限定装备，例如熔岩核心副本的炎龙BOSS概率产出火属性专属意识。
游戏定期推出的活动中，BOSS战常作为核心内容出现。例如新春副本第六关的红色人马罗塞塔，以及幻痛囚笼模式中每日轮换的3个BOSS。幻痛囚笼要求玩家使用不同队伍应对多个BOSS，每个角色仅能参与5次战斗，这迫使玩家培养多支队伍。而据点战作为70级解锁的高难玩法，BOSS被赋予特殊机制，如毒气光环迫使玩家使用远程角色。四周年活动推出的星渊巨像BOSS更引入地形破坏机制，玩家需击碎场景中的能量柱削弱其护盾。
除常规模式外，部分BOSS隐藏在探索玩法中。例如支线剧情本我回廊中，玩家通过解谜解锁的心象BOSS会模拟已击败过的敌人。方块挑战活动中，隐藏BOSS布偶熊·觅语需通过特定方块排列触发。
