舰船的改装和装配主要在空间站的舰船管理界面完成，这里是你调整武器、装置和组件，定制个性化战斗配置的核心场所。游戏并未设置一个名为改装商城的独立购物中心，所有与改装相关的部件获取与配置操作，都集成在空间站的功能体系内。当你停靠任意一个空间站后，通过舰船管理界面即可访问装配区，在此查看和更换已拥有的各类装备，游戏的改装玩法更侧重于利用已有资源进行组合与搭配，而非在单一商店中购买成品。
进行改装所需的部件，即各种武器、装置和组件，其来源是多元化的。你可以在空间站内的贸易市场与其他玩家进行动态交易来获取心仪的装备，这正是游戏支撑全星系玩家自主交易系统的体现。通过完成各类任务、参与军团活动、探索宇宙中的虫洞或进行深空探秘，也有机会获得用于改装的高级部件。这意味着改装资源的积累是一个结合了探索、战斗与市场行为的综合过程，你需要主动参与游戏的各种玩法来丰富自己的装备库。
在进行具体改装操作时，需要重点考虑舰船处理器和动力系统的平衡。每一件装备都会占用一定的处理器运算能力和动力输出，你不能无限制地安装最强大的装备，必须根据舰船的等级和基础属性进行合理搭配，确保在战斗中能源供应稳定，并能随时启用关键的应急装备。改装的目标是依据你预定的战斗风格，比如侧重防御、高速机动或火力输出，来选择合适的装备组合，从而让舰船在特定场合发挥出最大效能。
改装的效果直接体现在舰船的实战能力上。游戏提供了五个系列、六个等级共计数百艘舰船，以及上千种可组合的装备，改装自由度极高。你可以为新欧罗巴联邦的舰船搭配更强的导弹武器，或为晨曦经合体的舰船优化粒子炮的配置，每一点改装调整都可能影响你在遭遇战或大规模星系会战中的表现。在太空中被摧毁会导致船舱物品掉落，因此一套经过深思熟虑的改装配置也是保护自身资产的重要手段。
将改装与游戏的其他系统结合能带来更大收益。你雇佣的工程师或科学家类型的舰长，其天赋特长可以减少装备研发或生产所需的时间和材料，间接支持你的改装计划。改装后的舰船更适合执行特定的舰长派遣任务，如采集矿物或完成高难度悬赏，从而形成资源获取与战力提升的良性循环。
