主将与副将的分配是战斗体系的核心机制之一。主将决定部队的核心属性与天赋效果，而副将则通过技能补充主将的短板或强化优势。主将必须达到三星以上星级才能解锁副将位置，且主将等级需达到20级方可携带副将。副将的技能效果会生效，但天赋和部队容量加成都不会作用于部队，因此选择副将时应优先考虑技能互补性而非天赋树。兵种适配性也是关键因素，理想情况下主副将应使用相同兵种以最大化加成，但部分通用型武将如李成桂可跨兵种搭配。
主将的选择需结合战场定位与兵种专精。步兵系主将适合搭配防御型副将，骑兵系主将则需要机动性强的副将配合。驻防场景中，主将应选择具备防御天赋和减伤技能的武将，副将则可补充控制或治疗技能。野战场景则更注重主将的群体输出能力，副将需携带增益或破防技能。主将的装备效果会完全生效，而副将装备仅提供属性加成不会触发特效，因此高价值装备应优先配置给主将。
主将的主动技能会优先释放，副将技能则在主将技能冷却期间触发。因此理想的主副将组合应形成技能循环，例如主将携带短冷却的群体伤害技能，副将配置长冷却但效果强力的控制技能。部分武将技能存在联动效应，如孙武的范围伤害可与李成桂的弓兵加成叠加，这类组合能显著提升输出效率。技能升级顺序也需谨慎规划，主将的核心技能应优先满级，副将则根据战术需求选择性强化。
资源分配策略需兼顾即时战力与长期发展。紫色品质武将作为副将性价比更高，因其培养成本较低且技能效果稳定，如贞德的群体增益和西庇阿的减伤能力。橙色武将作为主将更能发挥其高基础属性优势，但需要投入大量资源觉醒。平民玩家可集中培养2-3个核心主将，优先确保主将星级和技能等级，副将维持在30级解锁全部技能即可。中期阶段应逐步完善兵种专精搭配，避免资源分散导致战力瓶颈。
战场环境的变化要求动态调整主副将配置。应对骑兵集结时，主将可选择具有反击加成的步兵统帅，副将搭配沉默类技能；对抗混合部队时则需主将携带范围伤害技能，副将补充减益效果。驻防轮换中可利用医院容量阈值切换治疗型副将，延长防守时长。侦查敌方兵种构成后，应及时更换克制型主副将组合，这种针对性调整往往能逆转战局。最终配置需平衡理论强度与实际操作习惯。虽然部分武将组合在数据层面表现优异，但若与玩家操作风格不符仍难以发挥实效。
